La ofuscación es una función que intenta ocultar las comunicaciones de emule, con el fin de que sea mas difícil detectar el trafico y con ello limitarlo o directamente bloquearlo.
Es muy simple y no añade anonimato ni nada por el estilo, pero puede ser suficiente para que un sistema automatico no detecte el trafico como perteneciente a emule. Por lo general es recomendable mantener la configuración por defecto, que intenta usarlo siempre, pero acepta conexiones de clientes sin esta función.
Mas información:
Ofuscación de Protocolo
Saludos.