Wenn beide Programm gleichzeitig auf das gleiche Part-File zugreifen, dürftest Du ziemliche Probleme mit den Lese- und Schreibrechten bekommen.
Versuche mal einen Film, den Du gerade ansiehst über den Explorer umzubenennen.
Wenn sich die Dateien nur über das fertige File ergänzen sollen, frage ich mich, wie Du das bewerkstelligen willst. Da müsste schliesslich ein Informationsaustausch der beiden Programme stattfinden. Dies in der Art, daß sich beide Tools darüber einigen, welche Teile der Datei sie gerade laden und welche dem anderen Programm vorbehalten werden sollen.
Wenn beide P2P-Programme letztlich das gleiche Netzwerk verwenden, würden sie sich auch die gleichen Quellen teilen. Dann kommst Du mit einem einzigen Programm ressourcenschonender zum gleichen Ziel.
// Fluke, Du wirst mir unheimlich!